La fragmentation en chaîne simple pose des problèmes différents de la fragmentation en chaîne double. Alors que les ruptures de chaînes simples sont associées à la stérilité masculine, les ruptures de chaînes doubles sont associées à un risque accru de fausse couche.
La fragmentation simple brin est principalement causée par le stress oxydatif (tabac, alcool...), et constitue une erreur beaucoup plus étendue, affectant une grande partie de l'ADN du sperme. Il est donc très difficile pour l'ovocyte de se réparer et, par conséquent, la gestation n'a même pas lieu.
Dans le cas d'une fragmentation double brin, les ruptures se produisent à des endroits spécifiques qui ne sont pas protégés par une enzyme appelée nucléase, de sorte que les dommages ne sont pas aussi importants et peuvent même être réparés par un jeune œuf. Sinon, si cette fragmentation n'est pas réparée, il en résultera un embryon présentant des altérations chromosomiques qui se solderont très probablement par une fausse couche.
Ainsi, en fonction du problème du patient, il peut être plus intéressant d'étudier tel ou tel type de fragmentation. Toutefois, l'idéal serait d'étudier les deux types de fragmentation, car les deux peuvent poser des problèmes.